Aborrecido pelos maus tratos que recebia na fazenda Campo Alegre, um escravo de nome João Antão, cujos comentários através dos tempos diziam que mantinha um caso com a irmã de seu Senhorio, resolveu fugir e se esconder em algum lugar seguro. Encontrou uma gruta no alto da montanha, a qual oferecia abrigo e uma ampla visão das montanhas ao redor.

Alimentando-se de frutos, raízes, caça e pesca, o escravo passou a viver naquelas cercanias.

Certo dia, apareceu ao escravo, um senhor de certa idade, de olhar sereno e fala macia, vestindo roupas brancas. Certamente um padre jesuíta fugitivo das perseguições do Marquês de Pombal, que havia determinado a explosão de todos os jesuítas do País.

O estranho lhe escreveu um bilhete, dizendo-lhe que entregando ao seu amo, este lhe daria perdão. Acreditando no que lhe foi dito, o escravo voltou à Fazenda. Ao ler o bilhete o patriarca da família Junqueira exigiu que o escravo o levasse a tal gruta. Montou-se uma comitiva que cavalgou ate o local. No interior da gruta encontraram uma imagem de um santo, entalhada em madeira, ao invés do padre Jesuíta. Homem de profunda religiosidade, João Francisco levou a imagem para sua casa. Esta pôr sua vez sumiu e foi aparecer novamente na gruta. E assim pôr várias vezes. Acreditando estar diante de um milagre, o capitão João Francisco mandou erguer uma capela, onde posteriormente deu lugar à igreja Matriz. Antes de concluir a o senhor de vestes branco nunca foi encontrado. Acredita-se que era ele, o próprio São Thomé.

Surgiu-se assim o povoado conhecido como São Thomé.